Tijela koja upravljaju Agencijom za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoiju su ravnatelj i Upravno vijeće.
Upravno vijeće donosi Statut i opće akte Agencije za plaćanja, donosi godišnji Program rada Agencije, nadzire izvršenje Programa, odlučuje o financijskom planu, donosi završni račun Agencije za plaćanja te obavlja i druge poslove u skladu sa Statutom Agencije za plaćanja.
Upravno vijeće Agencije za plaćanja čini predsjednik i četiri člana.
Predsjednika Upravnog vijeća imenuje Vlada Republike Hrvatske, a po položaju je ministar nadležan za poljoprivredu.
Članove Upravnog vijeća čine jedan predstavnik ministarstva nadležnog za poljoprivredu, jedan predstavnik ministarstva nadležnog za financije, jedan predstavnik ministarstva nadležnog za regionalni razvoj i jedan predstavnik radnika zaposlen u Agenciji za plaćanja, izabran sukladno odredbama Zakona o radu.
Članove Upravnog vijeća imenuje Vlada Republike Hrvatske na prijedlog ministra nadležnog za poljoprivredu, osim predstavnika radnika, kojeg imenuje i opoziva radničko vijeće, sukladno odredbama Zakona o radu.
Članovi Upravnog vijeća Agencije za plaćanja su:
- Josip Dabro, predsjednik Upravnog vijeća, potpredsjednik Vlade Republike Hrvatske i ministar poljoprivrede, šumarstva i ribarstva
- Duška Mia Franić, članica Upravnog vijeća, predstavnica Ministarstva, poljoprivrede, šumarstva i ribarstva
- Domagoj Mikulić, član Upravnog vijeća, predstavnik Ministarstva regionalnoga razvoja i fondova Europske unije
- Katarina Nesterović, članica Upravnog vijeća, predstavnik Ministarstva financija
- Ante Pezo, član Upravnog vijeća, predstavnik radnika zaposlen u Agenciji za plaćanja, izabran sukladno odredbama Zakona o radu
Poslovnik o radu Upravnog vijeća
